【医療】スパコン「京」で創薬加速　神戸市、企業向けにソフト開発

1 ：Mogtan ★＠＼(^o^)／：2015/02/17(火) 00:24:31.13 ID:???.net

掲載日：2015年2月16日
http://www.kobe-np.co.jp/news/shakai/201502/0007744757.shtml

　神戸市は２０１５年度、ポートアイランド２期の神戸医療産業都市にあるスーパーコンピューター（スパコン）
「京」などを使い、薬の候補となる化合物を従来より素早く低コストで見つけるため、製薬企業向けのソフトを開発する。
京は１２年に本格稼働したが、その高い計算能力を生かせるソフトが不足し、創薬（医薬品の研究開発）が遅れていた。
京や２０年の完成を目指す後継機「エクサ級スパコン」を使い、難病などの創薬加速が期待される。

　創薬は従来、化合物と、病気の原因となるタンパク質との結合の強さを実験で調べていたが、開発までに１０年以上、
１千億円以上かかっていた。実験の代わりに、スパコンによる計算で結合を予測できれば、期間を２〜３年、コストは
約２００億円削減できる可能性があるという。

　ソフトは市の外郭団体、先端医療振興財団（同市中央区）の奥野恭史グループリーダー（京都大大学院特定教授）らが
１５年度中に開発し、１６年度以降は企業から利用料を受け取って開発・運営費に充てる。市は１５年度当初予算案に
関連費用４８００万円を計上した。

　奥野氏らは既に京を使い、結合するかどうか判明している化合物とタンパク質の組み合わせ約１９０億通りの
データベースを構築。それらを基に、新たなタンパク質の情報を入力すると結合しやすい化合物を自動的に見つけて
順位付けし、薬の候補を示すようなソフトを想定する。

　市の担当者は「創薬を数年でも早めることができれば、多くの患者の命を救うことにつながる」と話す。

　このほか神戸医療産業都市の推進には、網膜の再生医療施設「神戸アイセンター（仮称）」の整備支援など、
市は１５年度当初予算案に計５８億８２００万円を盛り込んだ。（金井恒幸）

<画像>
創薬分野での利用が進むスーパーコンピューター「京」＝神戸市中央区港島南町７
http://www.kobe-np.co.jp/news/shakai/201502/img/b_07745891.jpg

<参照>
KAKEN - 奥野 恭史(20283666)
https://kaken.nii.ac.jp/d/r/20283666.ja.html

2 ：名無しのひみつ＠＼(^o^)／：2015/02/17(火) 00:32:49.39 ID:i+WyvBmd.net

ニダ
スパコンはウリナラ起源ニダ

3 ：名無しのひみつ＠＼(^o^)／：2015/02/17(火) 00:37:50.54 ID:4wsvTOWz.net

南海地震時の津波対策万全か？

人口島だから10メターの津波で回復不可能じゃね？

4 ：名無しのひみつ＠＼(^o^)／：2015/02/17(火) 00:55:50.36 ID:pJ4zBYaz.net

「実験の代わりに、スパコンによる計算で結合を予測できれば」
これが肝なんだよなー
結合力の予測は素人が考えるよりもずーと難しい。
過去にも欧米の製薬企業がやったがほとんどものにならなかった。
なぜなら、人類は結合力の本質をきちんと理解できていないから。
理解できてないもの(数式で表せない)はコンピューターで計算できない。
その難しさは天気予報みたいなものだ。

5 ：名無しのひみつ＠＼(^o^)／：2015/02/17(火) 01:41:56.58 ID:MonxYiBl.net

>>1
蓮舫　2位じゃ駄目なんですか？

自民ネトサポ　駄目に決まってるだろ！

自民政権下　4位まで落ちる

自民ネトサポ　４位でもいいんだよ！




自民党信者の言訳に、開いた口が塞がらねぇ〜　|дﾟ)

6 ：名無しのひみつ＠＼(^o^)／：2015/02/17(火) 06:05:31.74 ID:Ikl5f8WR.net

インシリコ創薬なんてメジャーな製薬会社はとっくにやってるだろ。
「関連費用４８００万円」この金額のショボさが全てを物語っているな。

7 ：名無しのひみつ＠＼(^o^)／：2015/02/17(火) 07:28:06.46 ID:hU6h6j2K.net

>>5
キチガイ朝鮮人は日本から出て行けよ

8 ：名無しのひみつ＠＼(^o^)／：2015/02/17(火) 07:49:48.75 ID:yWU4Oekg.net

神戸
https://www.youtube.com/watch?v=V0Ru0insgbQ
https://www.youtube.com/watch?v=0ly1oGdH3Kw

9 ：名無しのひみつ＠＼(^o^)／：2015/02/17(火) 09:42:18.87 ID:oPSPTrIs.net

薬品業界に金出してもらうにはまず成功例を出すことが重要だろう
膨大なデータベースから検索するタイプのソフトなら将棋ソフトのアルゴリズムも有効な気がする

10 ：名無しのひみつ＠＼(^o^)／：2015/02/17(火) 22:03:52.36 ID:Nj0jlnrU.net

分散型ＰＣじゃダメなのかね？素人発想でゴメン。

11 ：名無しのひみつ＠＼(^o^)／：2015/02/17(火) 23:41:41.39 ID:G6gDAaz9.net

>>10
問題ない

12 ：名無しのひみつ＠＼(^o^)／：2015/02/18(水) 03:56:10.42 ID:Fjz8+4OH.net

>>10
医薬品はバンド幅への依存は強くないようなので構成考えればいけると思う。
その辺のPCを1000Baseでつないだようなのだとさすがにダメだと思うが。

13 ：名無しのひみつ＠＼(^o^)／：2015/02/19(木) 04:56:45.88 ID:cD2/zIXs.net

BOINCでそういうプロジェクト無かったっけ？

14 ：名無しのひみつ＠＼(^o^)／：2015/02/20(金) 21:56:41.49 ID:uXAijBeA.net

なぜ製薬会社が自分で計算機を買わないのだ？

15 ：名無しのひみつ＠＼(^o^)／：2015/02/21(土) 00:08:09.38 ID:wuvDvWdy.net

カタログスペックを瞬間風速１位にするために1000億円を優に超える金をつぎ込んで、
稼働して3年も経つのに未だに

＞その高い計算能力を生かせるソフトが不足

んなことを言っている。

１位の座なんぞとっくの昔にずりおちてるのに、未だにバグだらけのライブラリで
実際的な成果などない。

2016年に>>1のライブラリが予定通りできたとしても、それより一足早く
東工大が50億円で作った新スパコンが稼働し、カタログスペックでもそれに追い抜かれる。
しかも東工大のスパコンは最初から実稼働。

京の場合、維持費だけで年間50億円を超えるってのに。
つまり、1000億円以上の金を丸々ドブに捨てたのが京。

16 ：名無しのひみつ＠＼(^o^)／：2015/02/22(日) 11:40:04.46 ID:WJYBFImH.net

普通、ビルを建てると後の維持のための経費には、
最初に出した建築費の１割ずつ位が毎年かかる、
と想定しないとだめだと言われている。
　ことさら電気を消費し、熱を出す装置であれば、
電気代やら冷房費の割合が高いのでなおさらだろう。
1000億のうちどれだけが建物費用だったのかは知らないが、
仮に500億円だったとすれば、毎年５０億円ぐらいかかるのは
公共施設としては普通のレベルだろう。

17 ：名無しのひみつ＠＼(^o^)／：2015/02/22(日) 12:34:48.63 ID:WJYBFImH.net

オリンピック10日間ぐらいの祭りのために、
道路や施設を作るほど無駄な出費は無いと思う。
今は全世界実時間でネット中継ができるのだから、
別に日本などのような1つの国の会場に集まって
体育祭をやらなくても、競技事に各国の競技場に
行ってそこでそれぞれやれば良いのだと思うよ。
そうすれば無駄に交通が渋滞したり、建物を建て
替えたり、後の維持に経費をかけることは要らない
だろう。ネットが無かった時代のままでやるのなら、
テレビ中継も止めたら良い。

18 ：名無しのひみつ＠＼(^o^)／：2015/02/22(日) 23:25:09.03 ID:h5TkBckA.net

スパコンなんてそんなモン

19 ：名無しのひみつ＠＼(^o^)／：2015/02/22(日) 23:50:31.22 ID:DvNHcOFp.net

京へ自分で用意した新しいプログラム入れようとして速度出ないから相談したら、
結構中の人が頑張ってくれて予定通りの成果が出たんだ。

そういう人件費にも予算は割かれてるのが多分>>15は視野狭窄に陥って全く現実が見えず、
その挙動が何が何でも叩きたい一心に駆られる虚しい非建設的な行動へ終始してしまうのだろうな。

20 ：名無しのひみつ＠＼(^o^)／：2015/02/23(月) 00:13:31.11 ID:Mz7z8H9B.net

韓国もこれ見て刺激を受けるだろう。
創造経済にピッタリ。

21 ：名無しのひみつ＠＼(^o^)／：2015/02/23(月) 00:20:00.84 ID:7yPFU2tP.net

>>19
あんたは自分自身で言っていることの意味すらわかってないんだねｗ

＞自分で用意した新しいプログラム入れようとして速度出ないから相談したら、
＞結構中の人が頑張ってくれて予定通りの成果が出た

つまり今現在は、ごく限られた人間しか京でまともな性能が出るようなプログラムが
書けないんだよ。

この規模のスパコンでは様々な組織が様々なプログラムを稼働させることになるが、
そのたんびに速度が出ないから「中の人」に頼もう、じゃどんどん進捗が遅れていく。
それが今の京の現状だ。

大学で言えば、教授・准教授が、学部生や大学院生の研究用プログラムを片っ端から代わりに
書き直してやっているような状態。んなことやらんとまともに動かんようなスパコンじゃ
ほとんどの人間が留年決定で大騒ぎになっちまう。

22 ：名無しのひみつ＠＼(^o^)／：2015/02/23(月) 07:42:21.06 ID:n/IxrP6B.net

>>21
＞あんたは自分自身で言っていることの意味すらわかってないんだねｗ
そのまま返す。
ほとんど嘘しか書いてないな。
あとお前のご高説は結論ありきで長い。

23 ：名無しのひみつ＠＼(^o^)／：2015/02/23(月) 07:58:53.27 ID:d+q+6Rz0.net

こいつ働いた事ねーんｼﾞｬﾈ

たかが1000億が、無駄な公共投資だってw
そんなのオトナの世界じゃ当たり前じゃんw

民主党行ったらお仲間のｻﾖｸが一杯待ってるぞww

24 ：名無しのひみつ＠＼(^o^)／：2015/02/23(月) 08:02:42.20 ID:d+q+6Rz0.net

>>15
ﾊﾞｰｰｰｰｰｰｶ ww

25 ：名無しのひみつ＠＼(^o^)／：2015/02/23(月) 13:47:34.41 ID:DSV/dqBh.net

演算性能に対して、メモリバンドや通信速度が遅い
安物スカラクラスタは、チューニングするのにすごく苦労する割には、
カタログスペックに程遠い性能しか出ない。

そんなもんだ。

26 ：名無しのひみつ＠＼(^o^)／：2015/02/23(月) 14:04:00.36 ID:lzUuBgUd.net

東工大、中国以下のスパコン

27 ：名無しのひみつ＠＼(^o^)／：2015/02/23(月) 14:47:06.69 ID:w8gPPqhl.net

中国のスパコンなんてまともに稼働してないし
東工大のTsubameはGPUで使い難いし
どこも一長一短

28 ：名無しのひみつ＠＼(^o^)／：2015/02/23(月) 17:39:09.79 ID:DSV/dqBh.net

GPUでカタログスペックをドーピングしても、
実際の性能は悲惨なもんだ。

TSUBAMEも中国のスパコンも、GPUでドーピングしてたね。

29 ：名無しのひみつ＠＼(^o^)／：2015/02/24(火) 05:26:56.28 ID:PyFBHozO.net

スパコンってさ最先端の研究のためのシミュレータとして動けば御の字でしょう
手間かかるにしても使えるだけマシだよ
スパコンのランキングに載ってるスパコンなんてどれも大して実用的でもない

30 ：名無しのひみつ＠＼(^o^)／：2015/02/24(火) 09:06:59.57 ID:EzdAo3ma.net

京の開発費1100億なんか金かけすぎって10年近く前から批判されるけどさ。
その割りには銀行なり国プロなり100億円融資受けて京に匹敵するスパコンを作ろうって奴が未だに1人も出てこない。
言うだけ番長なら幼稚園児にも出来るわ。

作ったからには有効活用すべきなんだよ。

31 ：名無しのひみつ＠＼(^o^)／：2015/03/11(水) 10:38:07.86 ID:aUtcT8e+.net

>>5
お前は京開発以後に新しいスパコンが出てこないと思ってるのか？

32 ：名無しのひみつ＠＼(^o^)／：2015/03/14(土) 23:23:03.67 ID:i3VL57lM.net

>>スパコンのランキングに載ってるスパコンなんてどれも大して実用的でもない
で、あれば低コスト設計でも良かった訳だが。

高校生にスパコン使わせて魔方陣問題を解いて２時間以上掛かった問題を
プロがCorei7の最新マシンで10分で終わらせた、という話を見るとなんともいえない気持ちにはなるが。

>>23,>>24のような理論的に反論できないビッグマウスが国の政策の意思決定を大声で左右すること
そのものが日本の科学サイエンスの将来を危うくしていると思うが。
1000億など何ともないと思うならNEC謹製のSXスパコンを動態保存できる
コンピュータ専門の博物館くらい予算組んでくれたらいいのにね。

33 ：名無しのひみつ＠＼(^o^)／：2015/03/15(日) 08:59:34.14 ID:omTKx4q1.net

これからはFX-100ですよ。もうFX-10とか京は古いね。

34 ：名無しのひみつ＠＼(^o^)／：2015/03/16(月) 09:17:09.71 ID:fEqhMAg+.net

>>32

＞で、あれば低コスト設計でも良かった訳だが。
お前が引用したすぐ後に反論されてるのにスルーかねw
＞その割りには銀行なり国プロなり100億円融資受けて京に匹敵するスパコンを作ろうって奴が未だに1人も出てこない。

恣意的な印象操作が見え見えですよ、>>15君ww

35 ：名無しのひみつ＠＼(^o^)／：2015/03/16(月) 17:31:28.30 ID:5oUpLB3E.net

創薬をする製薬会社が世界最大級のスパコンセンターを公然とあるいは秘密裏に
多数保有するようになれば、日立やＮＥＣや富士通も儲かって助かるのに。
もっとも、電気の供給のために火力発電所建てないといけなくなるから
難しいのかな。

36 ：名無しのひみつ＠＼(^o^)／：2015/03/16(月) 23:20:56.59 ID:HPknnpDH.net

ノバルティスや小保方騒動に見るに付け、医薬分野は胡散臭い連中が多過ぎる。
そもそも医学論文って学術的価値がどこまで有るのか？ってあたりから懐疑的に見てしまうな。
山中伸弥がCELLへ投稿した論文がノーベル賞を受賞出来たのは、iPS細胞に再現性が有るからだって噂じゃないかw

もう業界全体のガンだよ。文字通り、再生が要るんじゃ無い？

株式会社神戸市としては、タックスペイヤーに対し創薬事業へ投資するのは、ポーズとして合理的な動きだろ。
まあ、だからと言って提灯記事へ無防備に乗っかるのは馬鹿の極みだけどな。

37 ：名無しのひみつ＠＼(^o^)／：2015/03/18(水) 12:53:48.31 ID:p/82zZlD.net

>>36
>>32
>>25
出来もしないのに　「出来ますッ」　みたいなのが昨今多い
良い子は、御用学者に騙されぬよう注意だな

38 ：名無しのひみつ＠＼(^o^)／：2015/03/18(水) 13:23:08.52 ID:MS6pprMr.net

日立の量子コンピュータの方が総当りsimulationは圧倒的に速い
旧型に金かけるのは金と時間の無駄

39 ：名無しのひみつ＠＼(^o^)／：2015/03/19(木) 23:50:24.04 ID:w9UdjTzv.net

>>37
エラくなると投資先を捜すのが仕事なのさ。
だけど若い奴は保身に走って冒険しない。
またにはヒット出すのもいるぜ？

40 ：名無しのひみつ＠＼(^o^)／：2015/04/01(水) 04:39:50.74 ID:xPPHNO84.net

４０代女性のスカート内を盗撮容疑…中学教諭を逮捕
2015.3.31 23:48

兵庫県警須磨署は３１日、女性のスカート内を盗撮したとして県迷惑防止条例違反の疑いで、

神戸市立垂水東中の教諭 久松真一容疑者（５１）＝神戸市西区井吹台西町＝を現行犯逮捕した。

逮捕容疑は３１日午後４時半ごろ、神戸市須磨区のコンビニ店内で、
４０代の女性客のスカート内をスマートフォンのカメラで盗撮した疑い。

近くにいた女性の知人男性（３４）が取り押さえた。（共同）

http://www.sanspo.com/geino/news/20150331/tro15033123480005-n1.html

41 ：名無しのひみつ＠＼(^o^)／：2015/04/01(水) 04:58:28.39 ID:M7m9FO8l.net

>>5
お前には嫌儲あたりがお似合い
そっくりなのがいっぱいいるぞ

42 ：名無しのひみつ＠＼(^o^)／：2015/04/04(土) 23:06:09.60 ID:hzb9y4mq.net

なぜ将棋にチャレンジしないのだろう？
自分自身で対局を繰り返すことで神のように
強くなれるかもしれないのに。

43 ：名無しのひみつ＠＼(^o^)／：2015/04/05(日) 22:26:51.30 ID:zh+A28F4.net

少なくとも京は対局を無制限に繰り返すほどジョブ時間空いてないので
将棋は一人でやっててくれ。

44 ：名無しのひみつ＠＼(^o^)／：2015/04/10(金) 10:04:08.24 ID:yK3xL4yj.net

京大が新薬研究拠点新設へ 薬・工・医学融合、 立命館も参加し新たな薬剤開発システムをつくる。
日本発の新薬を創出する基盤としての役割が期待される。
http://www.kyoto-np.co.jp/education/article/20150409000019