臨床統計もおもしろいですよ、その3

1 ：卵の名無しさん：2020/03/05(木) 20:17:05.03 ID:naSB8128.net

　
　内科認定医受験の最低限の知識、
　製薬会社の示してくる臨床データ、
　論文の考察、
　論文を書くときの正当性、
　というのが、臨床統計の今までの目的の大きい部分でしたが、
　
　AI=機械学習の基本も、結局は統計学と確率に支配されます。
　そういう雑多な話をするスレです。
　
※前スレ
臨床統計もおもしろいですよ、その１
https://egg.2ch.net/test/read.cgi/hosp/1493809494/
臨床統計もおもしろいですよ、その2
https://egg.5ch.net/test/read.cgi/hosp/1540905566/

2 ：卵の名無しさん：2020/03/05(木) 20:17:46.76 ID:naSB8128.net

100人の集団（クラスター）で感染者は１人として１日に延べ１０回・人と接触し、
１人１回あたりの感染確率を１％、感染期間30日、潜伏期5日として
SEIRモデルで計算すると、感染のピークは110日めでとても１〜２週間が山場とは言えない。


> SEIR2(contact_rate=10,transmission_probability=0.01
+ ,infectious_period=30,latent_period=5,mu=0,
+ nu=0, s=99,e=0,i=1,r=0,timepoints = seq(0,365,by=0.5),axes=TRUE)
Ro = 3 peak time I = 109.5 peak time E = 89

グラフにすると
https://i.imgur.com/EiG2HzI.jpg

3 ：卵の名無しさん：2020/03/05(木) 22:34:57.14 ID:vGY9zXsV.net

https://i.imgur.com/obIkECO.jpg

4 ：卵の名無しさん：2020/03/06(金) 09:29:34.46 ID:H1NcHDj6.net

病的な虚言癖と妄想癖の精神科医　古根高の病名を診断するスレ
https://egg.5ch.net/test/read.cgi/hosp/1529634250/

古根高（サッポロファクトリーメンタルクリニック院長）（五浪で底辺医大に進学した知恵遅れ）のご尊顔
https://i.imgur.com/u8rBskz.jpg

トラブルメーカーゆえ市立札幌病院を解雇された過去あり
https://i.imgur.com/upWjhiA.jpg

5 ：卵の名無しさん：2020/03/07(土) 09:19:47.77 ID:jrmaVufM.net

週末はこれで遊べる。

nCov2019 for studying COVID-19 coronavirus outbreak

https://guangchuangyu.github.io/nCov2019/

6 ：卵の名無しさん：2020/03/07(土) 10:32:32.16 ID:jrmaVufM.net

>>5
まず、Rを最新版に更新して

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("BiocStyle")
remotes::install_github("GuangchuangYu/nCov2019", dependencies = TRUE)

が必要だった。

7 ：卵の名無しさん：2020/03/07(土) 10:47:18.70 ID:jrmaVufM.net

BiocStyle-defunct {BiocStyle} R Documentation
Defunct functions in package ‘BiocStyle’
Description
These functions are defunct and no longer available.

Details
The following functions are no longer available; use the replacement indicated below:

latex_old, latex2: latex

pdf_document_old, pdf_document2: pdf_document

html_document_old, html_document2: html_document

8 ：卵の名無しさん：2020/03/07(土) 15:19:10.32 ID:KnbHZezX.net

>>1
受験を控えている高校生です

他のスレでアナタはコンプ性Ｆラン症候群という不治の病であるとお聞きしました
高学歴の私と違ってＦランであるアナタは今はどのようなお仕事をされてるんですか？

9 ：卵の名無しさん：2020/03/07(土) 19:47:32.16 ID:jrmaVufM.net

Coronavirus COVID-19 outbreak statistics and forecast

http://www.bcloud.org/e/

これは使えるな

http://www.bcloud.org/e/session/a9b2a4a3e4ef04951a3e45743536a8f3/download/dataDownloadWorld?w=

10 ：卵の名無しさん：2020/03/08(日) 14:49:32.83 ID:WlKU3B2d.net

SEIRモデルで有病率を１％に固定して、集団のサイズを変化させてシミュレーションしてみたけどピークは変わらないな。
このモデルでは集会規模の大小には影響されないということになるな。

https://i.imgur.com/343K91V.png

有病率を変化させて流行の変遷をグラフにすると、

https://i.imgur.com/SZ15LKT.png
https://i.imgur.com/gnJVFnd.png

有病率を４０％くらいに引き上げるとオリンピックのときには流行が収束していることになるｗｗｗｗ

11 ：卵の名無しさん：2020/03/08(日) 19:19:22.20 ID:WlKU3B2d.net

rm(list=ls())
graphics.off()

f <- function(n,p) 1-(1-p)^n
vf=Vectorize(f)
n=seq(1,1000,by=1)
plot(n,vf(n,0.001),bty='l')
abline(h=0.5,lty=3)

"
藤井聡が　集会の参加人数と感染拡大確率の表を公開している。
://i.imgur.com/f3Tes5g.jpg
同じアルゴリズムを使って有病率が１/10000のときに感染拡大確率を0.05未満にしたい。
何人以上の集会を禁じることによってそれが達成できるか計算せよ。
"
F <- function(p=0.001,n=1000,p0=0.5){ # p=有病率,n:最大参加人数,p0:感染拡大確率
sub <- function(n,p) 1-(1-p)^n
uniroot(function(x) sub(x,p)-p0,c(0,n))$root
}
F()
F(p=1e-4,n=1e4,p0=0.05)

12 ：卵の名無しさん：2020/03/08(日) 19:19:38.25 ID:WlKU3B2d.net

"
p0= 1-(1-p)^n
(1-p)^n=1-p0
n*log(1-p)=log(1-p0)
n=log(1-p0)/log(1-p)
"
pp02n <- function(p,p0) log(1-p0)/log(1-p) # p=有病率,p0:感染拡大確率
pp02n(1/1000,0.05)

p=1/10^seq(1,5,by=0.01)
p=rev(p)
plot(p,pp02n(p,0.05),log='x',type='l',bty='l',ylab='参加者数',xlab='有病率',
main='感染拡大確率別許容参加人数')
lines(p,pp02n(p,0.10),lty=2,lwd=2)
lines(p,pp02n(p,0.25),lty=3,lwd=3)
lines(p,pp02n(p,0.50),lty=4,lwd=4)
legend('top',bty='n',legend=c(0.05,0.10,0.25,0.5),lty=1:4,lwd=1:4)

"
p0= 1-(1-p)^n
(1-p)^n=1-p0
log(1-p)=log(1-p0)/n
1-p=exp(log(1-p0)/n)
p=1-exp(log(1-p0)/n)
"
n=465
p0=0.05
np02p <- function(n,p0) 1-exp(log(1-p0)/n)
np02p(465,0.05)

13 ：卵の名無しさん：2020/03/08(日) 20:01:02.96 ID:WlKU3B2d.net

"
東京都は２１日、新型コロナウイルスの感染拡大を防ぐため、２２日から３月１５日までの３週間、都が主催する５００人以上の大規模な屋内イベントは、原則延期か中止にする方針を発表した.
"
by=1e-5
p0=seq(by,0.5,by)
plot(np02p(500,p0),p0,log='x',bty='l',type='l',lwd=2,main='500人参加集会',
xlab='有病率(log)',ylab='感染拡大確率')

14 ：卵の名無しさん：2020/03/09(月) 08:18:17.40 ID:cZTNWJLE.net

Same Stats, Different Graphs: Generating Datasets with Varied Appearance and Identical Statistics through Simulated Annealing Justin Matejka and George Fitzmaurice Autodesk Research, Toronto Ontario Canada {first.last}@autodesk.com

15 ：卵の名無しさん：2020/03/09(月) 08:21:02.64 ID:cZTNWJLE.net

https://blogs.sas.com/content/iml/2019/04/17/create-version-of-anscombes-quartet.html

16 ：卵の名無しさん：2020/03/09(月) 08:23:47.32 ID:cZTNWJLE.net

>>14
https://www.researchgate.net/profile/Justin_Matejka/publication/
316652618_Same_Stats_Different_Graphs_Generating_Datasets_with_Varied_Appearance_and_Identical_Statistics_through_Simulated_Annealing/links/
599aef990f7e9b892bacff30/Same-Stats-Different-Graphs-Generating-Datasets-with-Varied-Appearance-and-Identical-Statistics-through-Simulated-Annealing.pdf

17 ：卵の名無しさん：2020/03/09(月) 08:24:55.87 ID:cZTNWJLE.net

https://youtu.be/It4UA75z_KQ