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【IT】スパコン「富岳」、わずか10日で2,000種類超の新型コロナ治療薬候補を選別 [田杉山脈★]
- 1 :田杉山脈 ★:2020/07/06(月) 21:50:34 ID:CAP_USER.net
- 理化学研究所(理研)は、スーパーコンピュータ「富岳」を活用し、新型コロナウイルス感染症の治療薬の候補となりうる数十種類の物質を発見したと発表した。7月3日、オンラインで開催した「新型コロナウイルスの治療薬候補同定」の中間報告のなかで、理化学研究所 科技ハブ産連本部医科学イノベーションハブ推進プログム副プログラムディレクターであり、京都大学大学院医学研究科教授の奥野恭史氏が明らかにした。
奥野教授は、「1つの標的タンパク質に対するすべての薬剤での評価が終了し、興味深い結果が出た。残り3つの標的タンパク質においても同様の評価をしたい」とする一方、「数千規模の化合物とタンパク質の作用(結合)過程を、分子動力学計算レベルで計算した事例は世界でもはじめてであり、学術的にインパクトがある」と発言。
さらに、「今回の結合シミュレーションには約10日間を要したが、ソフトウェアのチューニングが富岳用にできていないかたちで実施したものである。チューニングができれば、将来的には2日程度で計算が完了すると考えている。1週間あれば、1万以上の薬剤が評価できるようになり、創薬の世界を大きく変えることができる」と述べた。
以下ソース
https://pc.watch.impress.co.jp/docs/news/1263445.html
- 5 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 21:59:35.00 ID:Z2K7oqhZ.net
- 多けりゃいいってモンか?
- 6 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 22:00:31.25 ID:nFc+VITg.net
- 今は分子動力学計算でそんなことまで解るようになったんだな
- 7 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 22:03:02.54 ID:1AH0K0iO.net
- ちなみに、富岳の最寄り駅は「京コンピュータ前駅」だぜ
京はもう無いけど、駅名を変えるにはスゲー金かかるから、当分このままらしい
- 8 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 22:03:12.11 ID:7IYd1u14.net
- >>3
意外と出来ないと思うぞ
- 9 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 22:04:54.71 ID:jORb0OlU.net
- 分子動力学計算はgrapeの方が計算速いはずだけど、ARMベースのほうがプログラム構築が汎用的で使いやすいのかな。
- 10 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 22:05:03.51 ID:Q5OMRiJV.net
- 登山漫画の最高峰
- 11 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 22:05:39.98 ID:sDW1jynz.net
- >>5
レンポーさんご苦労さん
2位じゃダメみたいですね
- 12 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 22:06:37.45 ID:1g63xeLY.net
- 富嶽もARM系だってな!
- 13 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 22:07:21.15 ID:3RXWDITC.net
- 馬鹿パヨ早速歯軋りw
- 14 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 22:07:30.90 ID:SB6CTMjf.net
- おれが死ぬ確率と死ぬXデーの予測してくれ
- 15 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 22:08:04.15 ID:xWGlDrgE.net
- 富嶽で使われるARMは、AmazonのAWSにも使われているよ。
- 16 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 22:08:50.12 ID:svClXDTx.net
- でも明日の天気すら当たらないんだろ。
アホみたいに被害も出てるし何の役にも立たない。
- 17 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 22:09:09.59 ID:t7vAEC5j.net
- 臨床試験もバーチャルでできないの?
- 18 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 22:09:14.35 ID:IAsaYLDT.net
- 新薬ができるのは早くて2,3年だろうね。
順調に行けば5年ってとこ
それまでは代用品でだな
- 19 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 22:09:18.75 ID:4gbHHukk.net
- 税金で飯食ってる世界中の二重国籍者の分析をお願いいたします
- 20 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 22:09:20.11 ID:1E8UAD1S.net
- で、実際の医療現場で薬使えるようになるのはいつなんだい?
- 21 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 22:09:31.78 ID:ktPFsPJ+.net
- x=rnd(0)
- 22 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 22:10:16.79 ID:FCdKzH+l.net
- >>10
中島の新型超重爆撃機だぞ
朝鮮人w
- 23 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 22:10:29.96 ID:QbtQfM3H.net
- これも結局一年もするとアメリカに簡単に抜かれるだろう
GPGPUだとこの半分の予算で倍の性能になる
- 24 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 22:10:30.40 ID:EnnTwFM9.net
- 2000種類って多過ぎね?
- 25 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 22:11:34.21 ID:bS9f5ADD.net
- >>1
富岳って対コロナ用に前倒しで実戦配備されたんだよな
ガンダムみたいだな ガンガレ!
- 26 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 22:12:54.37 ID:/qi0ZBX3.net
- これで新型コロナを作ればいいわけか
- 27 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 22:13:25.25 ID:dbhLOVRn.net
-
2000も出せば何個かあたって当たり前。
- 28 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 22:13:31.54 ID:v377R+CF.net
- ガスター10で、乗り切るから余裕
- 29 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 22:14:22.26 ID:sb3G0B34.net
- くそきな臭すぎてレンホー応援したくなるレベル
- 30 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 22:14:39.23 ID:hzuHVl89.net
- ハゲ治療薬がやっと完成する?
- 31 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 22:14:44.29 ID:in4rXIyi.net
- いや1種類を選別するならまだしも2000種ってどでもいいだろ
- 32 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 22:15:01.64 ID:5WqN0ntI.net
- >>25
富岳「待たせたな」
- 33 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 22:16:30.13 ID:bS9f5ADD.net
- >>32
京が1年掛かる計算を数日でできるらしいからな
21年始動を1年近く前倒ししたとか浪漫すぎる
- 34 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 22:17:40.20 ID:EnnTwFM9.net
- 1種類でも年単位で試験するのに2000種類も試験してたら
いつ出来るのやら。
2位のスパコンで良いんじゃね?
- 35 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 22:37:11.26 ID:DXr3ohDYV
- >新型コロナ治療薬候補を選別
・・・
新型コロナ治療薬を早く選別してください。よろしくお願いします。
- 36 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 22:19:44 ID:9i/mAyrD.net
- 公務員大量解雇時代到来消費税なくなるぞ
- 37 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 22:20:44 ID:zwj0mO+G.net
- >>5
もうちょっと絞って欲しいよな
- 38 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 22:23:10 ID:Uz/qnD6W.net
- >>37
絞ってるぞ
トップ10くらい以外はゴミみたいな効果しかなさそーって
グラフがあったしそれミロ
- 39 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 22:24:21 ID:TwvxQ4Q8.net
- 凄えな富嶽。この調子であと一カ月もすれば、
どんな薬でもコロナに効くことが判明するのでは?
- 40 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 22:24:31 ID:H0cRu6Fy.net
- ウンコを入れればウンコが出てくる
それがデータサイエンス
そんな方法で今までどんだけ失敗してきたか
スパコンになっても手法が糞なら糞しか出ないね
- 41 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 22:25:01 ID:deOhSO6b.net
- 別に富岳じゃないとできないわけじゃないんじゃないの?
- 42 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 22:25:32 ID:4mMaDjNE.net
- >>3
富岳の計算能力は大体スマホ3000万台分
- 43 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 22:28:22 ID:Uz/qnD6W.net
- >>41
i7のCPU一個でも可能だが何万年もかかるというわけ
- 44 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 22:29:02 ID:wR2xIpx9.net
- 自慢にはならない
- 45 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 22:30:02 ID:F6x0oXEo.net
- 仮想化して分散処理させた計算とどう違うの?
- 46 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 22:30:19 ID:ncbxTIVS.net
- 他国のスパコンだってその位やってるだろう
ぶっちぎりの1位でもないのに
- 47 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 22:31:55 ID:3QG/wvVV.net
- >>1
俺なら2000どころか、もっと挙げてみせるぜ
10倍くらいいけるな
- 48 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 22:32:28 ID:4mMaDjNE.net
- >>46
今はぶっちぎりの一位
そして4種類のベンチマーク全てでの一位(4冠)は史上初
- 49 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 22:32:31 ID:N8Jd+OdJ.net
- 富岳チューニングするための丁度良いデータ取りになるからこいつじゃないと意味ないだろうし
ガンガン使って使い勝手上げてほしいものだね
- 50 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 22:34:48 ID:JRgHFmVx.net
- >>5
判定対象が数千種類あって、それを10日で処理したんだろ
なるべく多くを短時間で処理できた方がよかろうよ
- 51 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 22:36:01 ID:JRgHFmVx.net
- >>47
そこから可能性ありと抽出されたのは数十種
- 52 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 22:36:02 ID:85CYw3+B.net
- >>14
ワイコンピュータの計算によると2120年7月1日の時点で生存確率0.001%や
- 53 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 22:38:08 ID:Q8pvCw/X.net
- スパコンより量子コンピューター使ったほうが良くないの?
- 54 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 22:39:17 ID:wR2xIpx9.net
- 量子なんかまだない
- 55 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 22:42:12.05 ID:iQIrvROd.net
- どえらい投資をしてるんだから
「ワクチンの100や200位」見つけ出すだろう
一日も早く先んじて元を取り返すんだな!
- 56 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 22:42:37.41 ID:KqiHOmUJ.net
- >>9
grapeは専用命令を追加したプロセッサだったような。ただ並列度はわからん。
以前にEDAベンダーのセミナーで発表があった。いわゆる「当社のツールを使ってプロセッサを開発しました」っていう内容で。
もっとも、スパコンとなると並列度が全然違うからな。
- 57 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 22:43:29.97 ID:yeCZbljY.net
- ちゃんと動いてるかテストしてみた、て感じだな
- 58 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 22:44:09.78 ID:yUugRfTE.net
- >>5
そこから似た成分で分類とかしていけばもっと減らせるだろ。
もっと考えろ。
- 59 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 22:45:03.42 ID:JRgHFmVx.net
- >>53
2千台(以上)のワークステーションで処理した方が速いはあるかも
- 60 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 22:47:06.23 ID:zYQHt2iS.net
- 選ぶのではなく、あたらしくコロナにあった薬をつくる事は出来ないの?
- 61 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 22:48:25.38 ID:EiX4yLv4.net
- トミタケすげえな
- 62 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 22:49:56.77 ID:Rc/uT9E1.net
- 所詮はまだ机上の理論状態
- 63 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 22:50:37.68 ID:GCuajlqT.net
- またジャップのオナニーかよ
- 64 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 22:50:52.72 ID:O2MKxlNA.net
- 俺もすごい連立方程式考える仕事したいレス
- 65 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 22:51:24.01 ID:wR2xIpx9.net
- 円周率やるよりマシかw
- 66 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 22:52:24.02 ID:r9+aynDz.net
- 2000ってふざけて居るのか、
2個とは言わないが、せめて20個に絞り込めよ
- 67 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 22:52:46.99 ID:sEJIdoJM.net
- とみ…がく…?
- 68 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 22:54:42.40 ID:axE3cj3/.net
- >>58
減らした物を提示してくれよ。
贅沢を言うなら、1番効くのはこれだ!と教えて欲しいがw
- 69 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 22:56:53.08 ID:TDHWv5YM.net
- 逆にもっと凄いウィルス作れる?
- 70 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 22:57:20.40 ID:OmpjzYeZ.net
- あくまでシュミレーション上の結果だから良さそうなシャブを実際に使っても全然クソってのもありうる
全部治験してからの話でしかない
そんなんしてる間に変異するから厄介だしな
- 71 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 22:59:13.79 ID:IOGq2IuB.net
- >>1
俺なら何億種類でも候補に出来るぞ、スパコン超えたな。
- 72 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 23:00:07.52 ID:z2XuF2+g.net
- ホンダF1制覇の日々
充実してたなあ
JAXAのはやぶさ2と富岳とで
戻ってくりゅ?
- 73 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 23:01:11.34 ID:dJ6VwwbK.net
- でも、アビガンの承認は当分ありません。
日本は、スパコンや全自動PCR検査機が作れても、活かせない。
- 74 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 23:04:22.83 ID:kkRSdIun.net
- 富岳10台くらいすぐ作れ
- 75 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 23:05:23.04 ID:h8nKQGyE.net
- しかしスパコンの性能が凄くなっても世の中良くならないもんだな。
- 76 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 23:06:03.73 ID:LrlB6C3o.net
- >>1
なんだ、スパコンのくせに10日もかかって候補だけかw
- 77 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 23:08:11.32 ID:xBFF/Y6s.net
- >>14
早よ成仏せーよ
南無南無
- 78 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 23:10:21.18 ID:2BoBkesL.net
- マイケル冨丘山すごいやん。
- 79 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 23:11:24.90 ID:A2091wxe.net
- 富岳スゴイ
- 80 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 23:11:36.66 ID:ogllZW85.net
- >>1
富岳の開発費用は1100億円だろう?、
きっと2000億円くらいで売れるよ
- 81 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 23:12:06.43 ID:dzTQGxiy.net
- >>1
でも、選別結果の実証は、人体実験でやるンですね。 おきらく、ごきらく〜。
- 82 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 23:12:37 ID:uk+io0c6.net
- >>7
あの辺は製薬会社の研究所がいっぱいあったね
- 83 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 23:14:38 ID:8tR2gviP.net
- >>1
2000の中にはサトウの水虫薬とか大正製薬のリアップも入ってるのかな?
- 84 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 23:14:45 ID:FxLU7vxT.net
- 2000種類って選別されとらんやんけw
- 85 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 23:17:49 ID:wR2xIpx9.net
- リケンのわかめ
- 86 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 23:18:08.15 ID:PTPoUQMz.net
- 2000は多いな
ここからどうやって効果がありそうなやつを絞っていくんだ?
- 87 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 23:18:53.03 ID:MR51hR02.net
- フロンティオがやばいな
富岳より先にAIを活用して既存の薬からコロナに効果ある薬を選別する事業始めてたのに
明日暴落不可避
- 88 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 23:20:25.94 ID:MR51hR02.net
- >>41
別に富岳でなくてもできる
上場企業がすでに同じことしてるし
ただ処理能力高いから他よりもはやくできる
- 89 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 23:21:49.90 ID:jdYw5baS.net
- 本当に良かった 民主系が内閣じゃなくて
- 90 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 23:23:07.31 ID:1pJpeCP3.net
- 陰キャから嫌われるのは確かだがこういうのは実際には陽キャ特有の潤沢な行動回数使って片手間でも色んな作品見てイベントとか行って「オタク」ってアイデンティティーにすがるしかないそこいらの無気力陰キャよりはオタクやれてるんだよなぁ
- 91 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 23:26:15.23 ID:NZV2j8Pk.net
- 今日本にある承認済みの薬剤を、標的のタンパク化合物にどう作用するかのシミュレーションできるソフトが、とっくの昔に完成していたのが驚き。
- 92 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 23:30:22.33 ID:1E8UAD1S.net
- いま臨床試験とかやってる薬の効果確認に先に使えよって思うけど
- 93 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 23:30:51.95 ID:8O+5xJVB.net
- よくわからんけど
シミュレーションソフト作る人もすごくない?
- 94 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 23:36:55.65 ID:5HK9CnXr.net
- 富士通χだな
- 95 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 23:38:50.09 ID:V2m8qVTn.net
- >>24
富岳たんが使うわけじゃないから、適当かと。
- 96 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 23:40:20.58 ID:9TtGAbOd.net
- 絵に描いた餅か。
やはり無駄遣いだな。
- 97 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 23:42:49.38 ID:TdVMFCAM.net
- 暫くはコロナ薬開発専用機として使った方が世の中の為になるだろうからそれで行って欲しいな。
- 98 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 23:44:47.42 ID:0nDwEj8L.net
- すげーーーーーーーーーな
日本
- 99 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 23:46:56.90 ID:DdWgoafx.net
- イベルメクチンだろ
さっさと発表しろ
- 100 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 23:52:55.57 ID:WZvDqMnF.net
- 韓中米はすでに量子コンピュータ競争なのに日本はいつも周回遅れだね。
- 101 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 23:52:57.79 ID:RUn8iuSY.net
- その中から選別するのが大変なのにw
- 102 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 23:55:20.31 ID:WIEar2rE.net
- 二位でも計算できるっしょ
- 103 :名刺は切らしておりまして:2020/07/06(月) 23:58:06.76 ID:r8l1tqa5.net
- これでエバークエストもサクサクね
- 104 :名刺は切らしておりまして:2020/07/07(火) 00:01:39.12 ID:tC0tUrTB.net
- すごいね、どんな処理してるんだろ
- 105 :名刺は切らしておりまして:2020/07/07(火) 00:06:50.38 ID:C4QqHp/G.net
- 2000は既知の組成解析済みで、そういう薬のデータベースに登録されているものですよね。
その2000の薬に対して、物理的に、原子的に新型コロナとくっつきやすいものを、分子動力学計算を使って、数個選び出したと言っているのかと。
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