【IT】スパコン「富岳」、わずか10日で2,000種類超の新型コロナ治療薬候補を選別 [田杉山脈★]

1 ：田杉山脈 ★：2020/07/06(月) 21:50:34 ID:CAP_USER.net

理化学研究所(理研)は、スーパーコンピュータ「富岳」を活用し、新型コロナウイルス感染症の治療薬の候補となりうる数十種類の物質を発見したと発表した。7月3日、オンラインで開催した「新型コロナウイルスの治療薬候補同定」の中間報告のなかで、理化学研究所 科技ハブ産連本部医科学イノベーションハブ推進プログム副プログラムディレクターであり、京都大学大学院医学研究科教授の奥野恭史氏が明らかにした。

　奥野教授は、「1つの標的タンパク質に対するすべての薬剤での評価が終了し、興味深い結果が出た。残り3つの標的タンパク質においても同様の評価をしたい」とする一方、「数千規模の化合物とタンパク質の作用(結合)過程を、分子動力学計算レベルで計算した事例は世界でもはじめてであり、学術的にインパクトがある」と発言。

　さらに、「今回の結合シミュレーションには約10日間を要したが、ソフトウェアのチューニングが富岳用にできていないかたちで実施したものである。チューニングができれば、将来的には2日程度で計算が完了すると考えている。1週間あれば、1万以上の薬剤が評価できるようになり、創薬の世界を大きく変えることができる」と述べた。
以下ソース
https://pc.watch.impress.co.jp/docs/news/1263445.html

200 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/07(火) 17:48:17 ID:3Ii0D8B1.net

どういう計算をすればこんなことまでわかるのか、
全然わからん

201 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/07(火) 17:54:18 ID:qJo2NH74.net

多すぎだろ。頭悪さ

202 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/07(火) 18:01:12.26 ID:NEdRB/Qk.net

>>31
この記事は完全に支離滅裂。
数千個の中から2000個を同定したのではなくて
2000個の薬物の中からウィルスとして効果のある数種類の薬物を同定する作業を
これから始めると理研は発表している。
https://www.riken.jp/medialibrary/riken/pr/news/2020/20200407_1/t_20200407_1_p.pdf

203 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/07(火) 18:15:35 ID:8u0562ZK.net

ビットコインマイニングしている馬鹿居ると思う

204 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/07(火) 18:16:59 ID:Q/o3BWzY.net

安いパソコン繋げたのでも十分成果でてるみたいだな・・・ｗ

205 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/07(火) 18:17:14 ID:mu7V++d9.net

産の人もいるので本当に体質としか言えない


433 名無しさん＠恐

206 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/07(火) 18:17:55 ID:akYDp/i8.net

>>202 もうおわったんだよ、10日でおわった。　それも1／6だけを動かした状態で
本稼働なら2日で終わる。

207 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/07(火) 18:18:34 ID:Q/o3BWzY.net

糞の役にも立たないというのが立証されたのか

208 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/07(火) 18:19:35 ID:mu7V++d9.net

一日一種服用しても５年以上もつな、もうコロナ怖くなくね？

209 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/07(火) 18:21:16 ID:blarKmlC.net

>>23
先行例，それが成功例なら，大規模予算と大量の人材を投入できるからね。
アメリカはその上で大規模科学技術プロジェクトのマネージメントが上手いしね。

日本がちまちま集めた予算の10倍はすぐにつけるし，人材は１万人はすぐに動員できる。
特に人材量の差はどうにもならない。日本の文科省はＣＯＥで少数精鋭とかいって，人
材育成機関の数すら極一部にしていったからな。

210 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/07(火) 18:23:29 ID:Q/o3BWzY.net

ロゴマークまで作って気持ち悪いよな
スーパーファミコンのシールでもくっつけとけよｗ

211 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/07(火) 18:26:46.80 ID:Jc+0qqYj.net

nhkが京のときにやってた解説によると
鍵穴総当たり戦みたいなことをやるんだってね。

212 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/07(火) 19:00:10 ID:yBWD4Bx2.net

いや、もっと絞れよw

213 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/07(火) 19:22:45.71 ID:nMX7mwxx.net

>>6
ラリーニーヴンのアーム：ギル・ハミルトンのナンタラ？って推理連作短編SFモノあったけど、被害者が分子デザイナーだって話があったわ

兇器が単分子チェーンだったかな


検索したら短編集「不完全な死体」は1976年の刊行かー

214 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/07(火) 19:25:38.02 ID:nMX7mwxx.net

>>12
アームチップなのは命令セットをスパークのパイプライン本体に食わせる係です

つまり前段、フロント、デコード

215 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/07(火) 20:20:33.43 ID:Lsnx+dCK.net

正露丸、バファリン、サロンパスは入ってんだろうな？

216 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/07(火) 20:22:22.08 ID:hsup73lB.net

薬の調合もして 新たな薬を

217 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/07(火) 20:26:35 ID:2pWbP+yx.net

スパコン実績を出すためだけにやったような。

218 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/07(火) 20:28:06 ID:Sk2mDzzd.net

60秒とかで出してくれないと凄さが分からない

219 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/07(火) 20:30:13 ID:bNoaL31a.net

だからな、シンギュラリティはもう始まってるんだよ
２番じゃ、特許取れないから

220 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/07(火) 20:36:53 ID:Ba7yI0dt.net

コロナを駆逐するコロナを作るしかない

221 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/07(火) 20:38:34 ID:0aiUe5Iq.net

>>219
二位じゃダメなんですね

222 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/07(火) 20:52:06 ID:X/jA5R6k.net

>>25
「僕が一番うまく富岳を使えるんだ！」

223 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/07(火) 20:58:30 ID:FPs8Xhkb.net

で、がんがん回してるのか？使わなきゃ意味ないよ

224 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/07(火) 20:59:18 ID:z8MPeabW.net

>>223
やらなきゃ意味ないよ

225 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/07(火) 21:21:13.25 ID:IVHfhtSs.net

>>23
量産品とではかかるコストが全然違うからなぁ

226 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/07(火) 21:22:04.10 ID:Da0eGpei.net

結局ガンにも、エイズにも、支那ウィルスにも”犬用の虫下し薬”が一番効くんだろ？
　

227 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/07(火) 21:23:47.11 ID:Da0eGpei.net

富岳の本当の開発目的は、核兵器開発用だからな。
この性能があれば、核分裂から0.00000000001秒ごとに時間を追って計算できる。

228 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/07(火) 21:24:09.79 ID:Do03WpwO.net

量子コンピュータ扱いだっけ？これ

229 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/07(火) 21:49:37 ID:NQAtSngP.net

まだ設置工事中なのか
それでもトップか

230 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/07(火) 21:52:12 ID:ZYLnCJin.net

設置は完了して現在調整中。　まだ、8割程度しか稼働していない。
Graph500 は6割くらいしか動かしていない時の数字。　余裕のよっちゃん。

231 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/07(火) 23:15:25.99 ID:Ld67aMcX.net

意味のないシミュレーションをしても意味がないという好例

232 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/07(火) 23:23:36.00 ID:VVZjADUX.net

はいはい、すごいすごい。税金有効に使ってね〜〜

233 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/08(水) 00:24:52.38 ID:T83JhIYg.net

神戸市内の電柱から電気とってんの？

234 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/08(水) 00:25:46.63 ID:T83JhIYg.net

設置土地付近は近寄らないｗ
すごい電磁波だな

235 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/08(水) 00:46:28.14 ID:/AAmNnTg.net

風邪だし以外と何でもそれなりには効くのでは

236 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/08(水) 01:03:01.06 ID:imB4XlDb.net

>>235 普通の風邪とは全く違うぞ。

237 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/08(水) 01:03:22.62 ID:RhBdwovH.net

くしゃみの計算、ありゃ富岳でやらなくても分かるわ

238 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/08(水) 01:09:52.08 ID:xRaj3RLq.net

もうちょい絞れ

239 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/08(水) 03:21:11.85 ID:yquzR32E.net

究極的には化学反応の事例を無分別に突っ込んだら特定の病気に効果あるメカニズムを解析して最適解を構築すること？

240 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/08(水) 05:55:21.23 ID:CErAuIWB.net

将棋AIこのスパコンで動かせたらいいのに。

241 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/08(水) 09:48:02.03 ID:qYN4596B.net

>>25
なぎはらえ！

242 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/08(水) 12:01:13 ID:tBbo67KB.net

>>5
つか、実証試験をやってみないと意味ないんだよなぁ。
シミュレーションの内容も世界初だと記事の中に書いてあるし、
シミュレーションがちゃんと現実をトレース出来てるか実証する必要があるだろ。

243 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/08(水) 12:04:13 ID:twu4/QQF.net

>>5
2000種類から数十種類に絞り込んだっていうニュースだぞ
ちゃんと読めてるか？

244 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/08(水) 12:05:38 ID:PrrfO6+t.net

>>14
俺のシミュレーションでは2020年7月8日だな。
シミュレーション精度向上の為に今すぐ死んでくれ。

245 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/08(水) 12:07:07 ID:DCcwwkcB.net

>>240
将棋AIは、既に、その辺のPCで無敗レベル

246 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/08(水) 12:14:20.57 ID:IP9QVwax.net

>>1
コレでfxやったら儲かるな

247 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/08(水) 12:18:50.42 ID:a/3mJC+O.net

富岳の叩き出した答えは結構凄い、
１位は言えないって、日本の製薬会社が特許取ってるし海外では何処も試してないって
まあ、上位のうち、幾つかは臨床やってるみたいだけど

248 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/08(水) 12:20:14.18 ID:y0SGDurm.net

>>1
2位じゃ出来ない仕事ぶり

249 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/08(水) 12:20:36.98 ID:QRG/Q9/x.net

囲碁で必勝法計算できる？

250 ：オーバーテクナナシー：2020/07/08(水) 12:21:53.87 ID:5QMYV0Lz.net

スーパーコンピュータについて語れ
https://rio2016.5ch.net/test/read.cgi/future/1575387045/

251 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/08(水) 12:21:54.50 ID:a/3mJC+O.net

>>230
ソフトも富岳用にチューニングされてないって
それで適当な動くソフトでやってこの結果
チューニングされて１０倍、能力全開放でさらに２倍

252 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/08(水) 12:22:42.63 ID:lCSXJImY.net

>>1
成果が出てから言ってよ
手段を誇ったって何の意味もない

253 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/08(水) 12:24:00.44 ID:tfHCCZM1.net

永遠に1つも新薬を設計できないゴミ。。。

254 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/08(水) 12:27:10 ID:a/3mJC+O.net

>>253
新薬ってどんなに頑張っても３年はかかるよ
もう、かなりの薬は出てるから
既存薬をスライドさせて使う方が、時間無いときは有利
治験体制も見直されるだろう

255 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/08(水) 12:28:18 ID:QRG/Q9/x.net

他のことに金使ったほうが有意義だろ

256 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/08(水) 12:29:06 ID:a/3mJC+O.net

今はスパイク構造を阻害する薬を探し出して
次はウイルス複製を阻止出来るかだったかな？
どっちにしろスピードが早いってのがこれほど有利ってのがね

257 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/08(水) 12:32:59 ID:nsK2IO5V.net

葛根湯がよく効ききます　とか、出ないかなｗ

258 ：大島栄城 ◆n3rBZgRz6w ：2020/07/08(水) 12:36:42 ID:7zLgIoOl.net

アメリカ人に日本語教えてもらって、俺のは日本語じゃないとかいう
韓国人の馬鹿くさいのが、いまだに円周率論文のこと言ってんだから
トンキンの馬鹿とか中国共産党の中国人には余程こたえたんだろう

おまけに、東大の金田教授そのものがしてた日立での円周率計算
アメリカにもソ連にも喧嘩売ってて、そら俺にも神戸に居た俺にも
穢多非人からか知らんがスゲー攻撃が来たわ

此処もまたって感じだな、神戸だし

259 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/08(水) 12:36:44 ID:cbUa6WqI.net

>>253
スパコンは使うやつの能力次第だから

260 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/08(水) 12:37:36 ID:I9KuTh7V.net

フガフガ、頑張ってるね。

261 ：大島栄城 ◆n3rBZgRz6w ：2020/07/08(水) 12:38:07 ID:7zLgIoOl.net

>>259
新薬発見しても、宇宙人に言われたり、明日寝させない、とかに成るよ

262 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/08(水) 12:38:20 ID:cbUa6WqI.net

>>241
俺はガンダムで行く！

263 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/08(水) 12:39:07.34 ID:6L7gC9py.net

>>13
パヨは馬鹿でも脳味噌が無く算数計算も出来ないウヨよりはマシかな

264 ：大島栄城 ：2020/07/08(水) 12:41:20.98 ID:7zLgIoOl.net

>>263
値引き期待でもか

265 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/08(水) 12:42:45.41 ID:tWTHW7j1.net

その富岳を使って、
どの薬がどの段階で効くか調べられないのか

ぎゃくに、飛沫のシミュレーションなんか、
昔、おれが住んでいたとても、寒い部屋で、
くしゃみすれば、白い息が本当に見えたので
それで充分じゃないか
実際のことだし　　

　　　　　　おれ人間富岳

266 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/08(水) 12:43:08.91 ID:I9KuTh7V.net

仙台-神戸の飛行機も片道5千円だもんな。　「富岳」も身近に感じるわな。　行ったことないけど。

267 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/08(水) 12:48:00.16 ID:U1GJ0Wwx.net

蓮舫に感想聞いて！

268 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/08(水) 12:51:21.00 ID:l9VmGowN.net

>>212
もう絞る必要ないだろ
わずか数十だ

>>239
事例じゃない
計算したんだ

269 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/08(水) 12:52:38.94 ID:l9VmGowN.net

>>254
リポジショニングは流行ってるな

270 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/08(水) 12:53:25.84 ID:yDnSoMK8.net

富岳は派生機ビジネスもボツボツあるようやし
京よりは上手く行ってるんかな？

271 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/08(水) 12:54:12.17 ID:z2qhu+ZI.net

１０日もかかるのか

272 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/08(水) 12:54:53.06 ID:z2qhu+ZI.net

どういう計算式か、わからなければ信憑性が無い

273 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/08(水) 12:56:15.82 ID:5U506Am6.net

>>1
それしぼりこめてなくね？

274 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/08(水) 12:56:30.32 ID:yDnSoMK8.net

>>269
リポジショニングって、低分子薬がネタ切れなんやうけど
あんまり儲かるイメージが無くて、盛り上がって無いのと違う？
外国は違うんかな？

すげー有意義とは思うんやけどね

275 ：<丶｀∀´>（´・ω・｀）（｀ハ´　 ）：2020/07/08(水) 12:56:52.38 ID:4YfODXcW.net

世界No1　ですから　すごいのですね

276 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/08(水) 12:57:01.46 ID:z2qhu+ZI.net

　




計算したというだけだ

この結果を、そのままどうやって信用出来るのだ

極東アジアの猿の列島国ではないのだからな




　

277 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/08(水) 12:57:30.56 ID:l9VmGowN.net

>>257
葛根湯も漢方の観点からすると乱用すべきじゃないそうだけど(発熱に体力を使うから)、俺は結構使ってる


>>265
細胞表面の分子の振る舞いをシミュレートしただけだから、生体内での作用はまた別の話になる

278 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/08(水) 12:58:35.15 ID:z2qhu+ZI.net

　




１０日もかけて、いったい何の計算したのだ

コンピュータなんて一瞬で答えが出るぞ




　

279 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/08(水) 13:00:33.04 ID:l9VmGowN.net

>>277
分子→分子構造

>>270
ARMに見えるからね
細かい最適化は別にして

280 ：大島栄城 ：2020/07/08(水) 13:02:15.51 ID:7zLgIoOl.net

アメリカ人も良くいうよな、最初弾道弾ミサイル計算用とかだった
コンピューターを一般に売るために、IBMで大統領選挙を予想して
当てたとか、わけわからん営業ばっかして今があるくせに

281 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/08(水) 13:05:21.64 ID:l9VmGowN.net

>>274
効くか効かないかは別にして株価は動くから……


ID:z2qhu+ZI ←スレ賑やかすための運営の人？

282 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/08(水) 13:11:13.25 ID:Mwhyj6CC.net

アップルの新プロセッサもARMベースらしいが
ARMとはなんなのか
インテルみたいなものか

283 ：大島栄城 ：2020/07/08(水) 13:14:43.98 ID:7zLgIoOl.net

ARMは、ソフトウェアで内部も書き換え可能なプロセッサだ

284 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/08(水) 13:16:28.41 ID:4cbhetem.net

>>24
「2,128種類の既存医薬品のなかから」選んだのであって
星の数ほどある医薬品から効くかもしれない２千種類選んだわけじゃないよｗ

あと元の記事よめば二番目以降効の薬の名前が出てる
一番スコアがいい薬は評判だけ独り歩きしないよう一般には伏せてるけど
ちょっと詳しい人には「あーあれだろ」とだいだい目星ついてる

285 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/08(水) 13:22:22.50 ID:K8jPHokH.net

キンプリ伊東亜梨沙
ハニー(18) T177cm B80 W55 H75
TOKYOスタイルギャルデリ
ハニー (18) T177cm B80 W55 H75
ハニー (18) ☆東京スタイル

286 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/08(水) 13:22:39.57 ID:5PkJu/oZ.net

>>1
事業仕分けの成功例だな

287 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/08(水) 13:23:20.02 ID:rSvL6tzc.net

>>11
あの人一応おめでとう言ってたでw

288 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/08(水) 13:30:40.03 ID:ArV1v3sc.net

>>5
>1つの標的タンパク質に対するすべての薬剤での評価が終了し、興味深い結果が出た。残り3つの標的タンパク質においても同様の評価をしたい

1つ目標的タンパク質　2000種類候補
↓
２〜４つ目と重なる候補があればいいのと薬価で一番安い組み合わせが選べる

289 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/08(水) 13:40:28.92 ID:a/3mJC+O.net

>>284
薬はあんまり詳しくないが、
１位は外国で試してない
日本の企業が特許取ってる、って事はつい最近出てきてた薬
バラすとインサイダーになっちゃう
って事で上場企業の寄生虫関連の薬じゃないかとは想像してるが

290 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/08(水) 13:41:34.33 ID:6c2lH4Md.net

富岳に適した解析用の工程設計を組んだプログラマーが優秀なんだろうと思う

291 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/08(水) 13:43:09.54 ID:6c2lH4Md.net

分子動力学計算レベルで計算した結合シミュレーション

292 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/08(水) 13:46:43.13 ID:6c2lH4Md.net

今こそ中共と組めば治験という名の人体実験が捗ると思う。

293 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/08(水) 13:49:01.14 ID:a/3mJC+O.net

しっかし、新製品のノートPCもAMD多くなってきたな
長年、あぐらかいてたインテルは製造部門、売った方が良かね？

294 ：大島栄城 ：2020/07/08(水) 13:51:04.45 ID:7zLgIoOl.net

インテルは内部紛争もだけど、韓国人の馬鹿のメモリばっか使って
最新型の腐ったんじゃないか、俺はまだ旧型のhaswellのまんまだが

295 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/08(水) 13:54:53.42 ID:a/3mJC+O.net

>>294
サムスンはアメリカからも日本からも嫌わてる
もっとも、本国でも政府ににらまれちゃってる

多分、微細化でTMSCと差がまた付いちゃうんじゃないかと

296 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/08(水) 13:54:56.69 ID:sHdSs6/K.net

幻の6発重爆がとうとう日の目を見たのか。。。

297 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/08(水) 13:58:00.43 ID:a/3mJC+O.net

>>296
次は５０倍早い亜也虎かな

298 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/08(水) 14:09:05.73 ID:l9VmGowN.net

>>283
トランスメタっぽいことが言いたいのかな？10年前に潰れたけど
コードモーフィングだっけ


>>293
最新世代はオプテインメモリを透過的に使えるそうな
TBWがPB級のオプテインメモリゆえ可能なこと
これで見た目のメモリ容量がTBになる
ファブの総合力で勝とうってことだろうか


>>294
メモリは添え物にすぎないよ
AMDのIFもRyzen第4世代以降はメモリ速度に律速されてなくて独立してる

299 ：大島栄城 ：2020/07/08(水) 14:38:30.76 ID:7zLgIoOl.net

>>298
ライゼンが速いのは、その韓国人の馬鹿の糞メモリなんとか使えるようにしただけか
日本の古いの真似でもしたか、なんか怪しいもんだわ

300 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/08(水) 14:46:58.44 ID:mRKLlecP.net

＞わずか10日で2,000種類超の新型コロナ治療薬候補を選別
つまり2000から選別して効きそうなのを絞りましたって事
記者もスレタイが下手だし
スレタイも理解できない奴が多いのも問題ww

本当に日本語の力が劣化してるな