【IT】スパコン「富岳」、わずか10日で2,000種類超の新型コロナ治療薬候補を選別 [田杉山脈★]

1 ：田杉山脈 ★：2020/07/06(月) 21:50:34 ID:CAP_USER.net

理化学研究所(理研)は、スーパーコンピュータ「富岳」を活用し、新型コロナウイルス感染症の治療薬の候補となりうる数十種類の物質を発見したと発表した。7月3日、オンラインで開催した「新型コロナウイルスの治療薬候補同定」の中間報告のなかで、理化学研究所 科技ハブ産連本部医科学イノベーションハブ推進プログム副プログラムディレクターであり、京都大学大学院医学研究科教授の奥野恭史氏が明らかにした。

　奥野教授は、「1つの標的タンパク質に対するすべての薬剤での評価が終了し、興味深い結果が出た。残り3つの標的タンパク質においても同様の評価をしたい」とする一方、「数千規模の化合物とタンパク質の作用(結合)過程を、分子動力学計算レベルで計算した事例は世界でもはじめてであり、学術的にインパクトがある」と発言。

　さらに、「今回の結合シミュレーションには約10日間を要したが、ソフトウェアのチューニングが富岳用にできていないかたちで実施したものである。チューニングができれば、将来的には2日程度で計算が完了すると考えている。1週間あれば、1万以上の薬剤が評価できるようになり、創薬の世界を大きく変えることができる」と述べた。
以下ソース
https://pc.watch.impress.co.jp/docs/news/1263445.html

2 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 21:51:21 ID:AfB/3SGH.net

謎の女子高生の正体は？ 45年前に撮影されたモノクロ写真がカッコよすぎる
http://www.show-beauty.myddns.com/10360.html

3 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 21:51:23 ID:cpKvbWaA.net

俺にも使わせてくれ
ソシャゲが快適にプレイできるか試したい

4 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 21:55:07.61 ID:/0qWIPOR.net

さすがARMの高性能CPUはすごいな

5 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 21:59:35.00 ID:Z2K7oqhZ.net

多けりゃいいってモンか？

6 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 22:00:31.25 ID:nFc+VITg.net

今は分子動力学計算でそんなことまで解るようになったんだな

7 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 22:03:02.54 ID:1AH0K0iO.net

ちなみに、富岳の最寄り駅は「京コンピュータ前駅」だぜ
京はもう無いけど、駅名を変えるにはスゲー金かかるから、当分このままらしい

8 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 22:03:12.11 ID:7IYd1u14.net

>>3
意外と出来ないと思うぞ

9 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 22:04:54.71 ID:jORb0OlU.net

分子動力学計算はgrapeの方が計算速いはずだけど、ARMベースのほうがプログラム構築が汎用的で使いやすいのかな。

10 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 22:05:03.51 ID:Q5OMRiJV.net

登山漫画の最高峰

11 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 22:05:39.98 ID:sDW1jynz.net

>>5
レンポーさんご苦労さん
2位じゃダメみたいですね

12 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 22:06:37.45 ID:1g63xeLY.net

富嶽もARM系だってな！

13 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 22:07:21.15 ID:3RXWDITC.net

馬鹿パヨ早速歯軋りw

14 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 22:07:30.90 ID:SB6CTMjf.net

おれが死ぬ確率と死ぬXデーの予測してくれ

15 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 22:08:04.15 ID:xWGlDrgE.net

富嶽で使われるARMは、AmazonのAWSにも使われているよ。

16 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 22:08:50.12 ID:svClXDTx.net

でも明日の天気すら当たらないんだろ。
アホみたいに被害も出てるし何の役にも立たない。

17 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 22:09:09.59 ID:t7vAEC5j.net

臨床試験もバーチャルでできないの？

18 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 22:09:14.35 ID:IAsaYLDT.net

新薬ができるのは早くて2,3年だろうね。
順調に行けば５年ってとこ
それまでは代用品でだな

19 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 22:09:18.75 ID:4gbHHukk.net

税金で飯食ってる世界中の二重国籍者の分析をお願いいたします

20 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 22:09:20.11 ID:1E8UAD1S.net

で、実際の医療現場で薬使えるようになるのはいつなんだい？

21 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 22:09:31.78 ID:ktPFsPJ+.net

x=rnd(0)

22 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 22:10:16.79 ID:FCdKzH+l.net

>>10
中島の新型超重爆撃機だぞ


朝鮮人ｗ

23 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 22:10:29.96 ID:QbtQfM3H.net

これも結局一年もするとアメリカに簡単に抜かれるだろう
ＧＰＧＰＵだとこの半分の予算で倍の性能になる

24 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 22:10:30.40 ID:EnnTwFM9.net

２０００種類って多過ぎね？

25 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 22:11:34.21 ID:bS9f5ADD.net

>>1
富岳って対コロナ用に前倒しで実戦配備されたんだよな
ガンダムみたいだな　ガンガレ！

26 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 22:12:54.37 ID:/qi0ZBX3.net

これで新型コロナを作ればいいわけか

27 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 22:13:25.25 ID:dbhLOVRn.net

　


2000も出せば何個かあたって当たり前。


　

28 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 22:13:31.54 ID:v377R+CF.net

ガスター10で、乗り切るから余裕

29 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 22:14:22.26 ID:sb3G0B34.net

くそきな臭すぎてレンホー応援したくなるレベル

30 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 22:14:39.23 ID:hzuHVl89.net

ハゲ治療薬がやっと完成する？

31 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 22:14:44.29 ID:in4rXIyi.net

いや１種類を選別するならまだしも2000種ってどでもいいだろ

32 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 22:15:01.64 ID:5WqN0ntI.net

>>25
富岳「待たせたな」

33 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 22:16:30.13 ID:bS9f5ADD.net

>>32
京が1年掛かる計算を数日でできるらしいからな
21年始動を1年近く前倒ししたとか浪漫すぎる

34 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 22:17:40.20 ID:EnnTwFM9.net

１種類でも年単位で試験するのに２０００種類も試験してたら
いつ出来るのやら。

２位のスパコンで良いんじゃね？

35 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 22:37:11.26 ID:DXr3ohDYV

>新型コロナ治療薬候補を選別
・・・
新型コロナ治療薬を早く選別してください。よろしくお願いします。

36 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 22:19:44 ID:9i/mAyrD.net

公務員大量解雇時代到来消費税なくなるぞ

37 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 22:20:44 ID:zwj0mO+G.net

>>5
もうちょっと絞って欲しいよな

38 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 22:23:10 ID:Uz/qnD6W.net

>>37
絞ってるぞ
トップ10くらい以外はゴミみたいな効果しかなさそーって
グラフがあったしそれミロ

39 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 22:24:21 ID:TwvxQ4Q8.net

凄えな富嶽。この調子であと一カ月もすれば、
どんな薬でもコロナに効くことが判明するのでは？

40 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 22:24:31 ID:H0cRu6Fy.net

ウンコを入れればウンコが出てくる
それがデータサイエンス

そんな方法で今までどんだけ失敗してきたか
スパコンになっても手法が糞なら糞しか出ないね

41 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 22:25:01 ID:deOhSO6b.net

別に富岳じゃないとできないわけじゃないんじゃないの？

42 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 22:25:32 ID:4mMaDjNE.net

>>3
富岳の計算能力は大体スマホ3000万台分

43 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 22:28:22 ID:Uz/qnD6W.net

>>41
i7のＣＰＵ一個でも可能だが何万年もかかるというわけ

44 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 22:29:02 ID:wR2xIpx9.net

自慢にはならない

45 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 22:30:02 ID:F6x0oXEo.net

仮想化して分散処理させた計算とどう違うの？

46 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 22:30:19 ID:ncbxTIVS.net

他国のスパコンだってその位やってるだろう

ぶっちぎりの1位でもないのに

47 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 22:31:55 ID:3QG/wvVV.net

>>1
俺なら2000どころか、もっと挙げてみせるぜ
10倍くらいいけるな

48 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 22:32:28 ID:4mMaDjNE.net

>>46
今はぶっちぎりの一位
そして4種類のベンチマーク全てでの一位（4冠）は史上初

49 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 22:32:31 ID:N8Jd+OdJ.net

富岳チューニングするための丁度良いデータ取りになるからこいつじゃないと意味ないだろうし
ガンガン使って使い勝手上げてほしいものだね

50 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 22:34:48 ID:JRgHFmVx.net

>>5
判定対象が数千種類あって、それを10日で処理したんだろ
なるべく多くを短時間で処理できた方がよかろうよ

51 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 22:36:01 ID:JRgHFmVx.net

>>47
そこから可能性ありと抽出されたのは数十種

52 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 22:36:02 ID:85CYw3+B.net

>>14
ワイコンピュータの計算によると2120年7月1日の時点で生存確率0.001%や

53 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 22:38:08 ID:Q8pvCw/X.net

スパコンより量子コンピューター使ったほうが良くないの？

54 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 22:39:17 ID:wR2xIpx9.net

量子なんかまだない

55 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 22:42:12.05 ID:iQIrvROd.net

どえらい投資をしてるんだから
　「ワクチンの100や200位」見つけ出すだろう　
　　　一日も早く先んじて元を取り返すんだな！

56 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 22:42:37.41 ID:KqiHOmUJ.net

>>9
grapeは専用命令を追加したプロセッサだったような。ただ並列度はわからん。
以前にEDAベンダーのセミナーで発表があった。いわゆる「当社のツールを使ってプロセッサを開発しました」っていう内容で。
もっとも、スパコンとなると並列度が全然違うからな。

57 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 22:43:29.97 ID:yeCZbljY.net

ちゃんと動いてるかテストしてみた、て感じだな

58 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 22:44:09.78 ID:yUugRfTE.net

>>5
そこから似た成分で分類とかしていけばもっと減らせるだろ。
もっと考えろ。

59 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 22:45:03.42 ID:JRgHFmVx.net

>>53
2千台（以上）のワークステーションで処理した方が速いはあるかも

60 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 22:47:06.23 ID:zYQHt2iS.net

選ぶのではなく、あたらしくコロナにあった薬をつくる事は出来ないの？

61 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 22:48:25.38 ID:EiX4yLv4.net

トミタケすげえな

62 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 22:49:56.77 ID:Rc/uT9E1.net

所詮はまだ机上の理論状態

63 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 22:50:37.68 ID:GCuajlqT.net

またジャップのオナニーかよ

64 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 22:50:52.72 ID:O2MKxlNA.net

俺もすごい連立方程式考える仕事したいレス

65 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 22:51:24.01 ID:wR2xIpx9.net

円周率やるよりマシかｗ

66 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 22:52:24.02 ID:r9+aynDz.net

２０００ってふざけて居るのか、
２個とは言わないが、せめて２０個に絞り込めよ

67 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 22:52:46.99 ID:sEJIdoJM.net

とみ…がく…?

68 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 22:54:42.40 ID:axE3cj3/.net

>>58
減らした物を提示してくれよ。
贅沢を言うなら、1番効くのはこれだ！と教えて欲しいがｗ

69 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 22:56:53.08 ID:TDHWv5YM.net

逆にもっと凄いウィルス作れる？

70 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 22:57:20.40 ID:OmpjzYeZ.net

あくまでシュミレーション上の結果だから良さそうなシャブを実際に使っても全然クソってのもありうる
全部治験してからの話でしかない
そんなんしてる間に変異するから厄介だしな

71 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 22:59:13.79 ID:IOGq2IuB.net

>>1
俺なら何億種類でも候補に出来るぞ、スパコン超えたな。

72 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 23:00:07.52 ID:z2XuF2+g.net

ホンダＦ1制覇の日々
充実してたなあ
JAXAのはやぶさ2と富岳とで
戻ってくりゅ？

73 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 23:01:11.34 ID:dJ6VwwbK.net

でも、アビガンの承認は当分ありません。

日本は、スパコンや全自動PCR検査機が作れても、活かせない。

74 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 23:04:22.83 ID:kkRSdIun.net

富岳10台くらいすぐ作れ

75 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 23:05:23.04 ID:h8nKQGyE.net

しかしスパコンの性能が凄くなっても世の中良くならないもんだな。

76 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 23:06:03.73 ID:LrlB6C3o.net

>>1
なんだ、スパコンのくせに10日もかかって候補だけかw

77 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 23:08:11.32 ID:xBFF/Y6s.net

>>14
早よ成仏せーよ
南無南無

78 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 23:10:21.18 ID:2BoBkesL.net

マイケル冨丘山すごいやん。

79 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 23:11:24.90 ID:A2091wxe.net

富岳スゴイ

80 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 23:11:36.66 ID:ogllZW85.net

>>1
富岳の開発費用は1100億円だろう？、
きっと2000億円くらいで売れるよ

81 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 23:12:06.43 ID:dzTQGxiy.net

>>1
でも、選別結果の実証は、人体実験でやるンですね。　おきらく、ごきらく〜。

82 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 23:12:37 ID:uk+io0c6.net

>>7
あの辺は製薬会社の研究所がいっぱいあったね

83 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 23:14:38 ID:8tR2gviP.net

>>1
２０００の中にはサトウの水虫薬とか大正製薬のリアップも入ってるのかな？

84 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 23:14:45 ID:FxLU7vxT.net

2000種類って選別されとらんやんけw

85 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 23:17:49 ID:wR2xIpx9.net

リケンのわかめ

86 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 23:18:08.15 ID:PTPoUQMz.net

2000は多いな
ここからどうやって効果がありそうなやつを絞っていくんだ？

87 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 23:18:53.03 ID:MR51hR02.net

フロンティオがやばいな
富岳より先にAIを活用して既存の薬からコロナに効果ある薬を選別する事業始めてたのに
明日暴落不可避

88 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 23:20:25.94 ID:MR51hR02.net

>>41
別に富岳でなくてもできる
上場企業がすでに同じことしてるし
ただ処理能力高いから他よりもはやくできる

89 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 23:21:49.90 ID:jdYw5baS.net

本当に良かった　民主系が内閣じゃなくて

90 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 23:23:07.31 ID:1pJpeCP3.net

陰キャから嫌われるのは確かだがこういうのは実際には陽キャ特有の潤沢な行動回数使って片手間でも色んな作品見てイベントとか行って「オタク」ってアイデンティティーにすがるしかないそこいらの無気力陰キャよりはオタクやれてるんだよなぁ

91 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 23:26:15.23 ID:NZV2j8Pk.net

　今日本にある承認済みの薬剤を、標的のタンパク化合物にどう作用するかのシミュレーションできるソフトが、とっくの昔に完成していたのが驚き。

92 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 23:30:22.33 ID:1E8UAD1S.net

いま臨床試験とかやってる薬の効果確認に先に使えよって思うけど

93 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 23:30:51.95 ID:8O+5xJVB.net

よくわからんけど
シミュレーションソフト作る人もすごくない？

94 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 23:36:55.65 ID:5HK9CnXr.net

富士通χだな

95 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 23:38:50.09 ID:V2m8qVTn.net

>>24
富岳たんが使うわけじゃないから、適当かと。

96 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 23:40:20.58 ID:9TtGAbOd.net

絵に描いた餅か。

やはり無駄遣いだな。

97 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 23:42:49.38 ID:TdVMFCAM.net

暫くはコロナ薬開発専用機として使った方が世の中の為になるだろうからそれで行って欲しいな。

98 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 23:44:47.42 ID:0nDwEj8L.net

すげーーーーーーーーーな



日本

99 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 23:46:56.90 ID:DdWgoafx.net

イベルメクチンだろ
さっさと発表しろ

100 ：名刺は切らしておりまして：2020/07/06(月) 23:52:55.57 ID:WZvDqMnF.net

韓中米はすでに量子コンピュータ競争なのに日本はいつも周回遅れだね。